Di bawah bahagian Hal Ehwal Akademik terdapat 4 Jabatan pengajian yang terdapat di MRSM Pasir Tumboh iaitu Jabatan Bahasa, Jabatan Matematik, Jabatan Sains dan Jabatan Sains Sosial. Selain dari itu, Cawangan Perpustakaan dan juga Cawangan Sistem Maklumat juga terletak di bawah kendalian Hal Ehwal Akademik.

Jabatan Bahasa

Jabatan Bahasa MRSM Pasir Tumboh adalah salah satu daripada empat jabatan pengajian yang terdapat di dalam maktab ini.Terdapat dua unit di dalam jabatan ini iaitu unit Bahasa Melayu dan unit Bahasa Inggeris. Jabatan bahasa di ketuai oleh Pn Hishamunizan Binti Che Leh yang juga merupakan guru Bahasa Inggeris. Matlamat utama jabatan ini sudah pastinya adalah untuk memastikan setiap pelajar mendapat keputusan A di dalam subjek Bahasa Melayu dan Bahasa Inggeris di dalam peperiksaan PMR. Disamping itu juga dapat memartabatkan Bahasa Melayu serta memperkukuhkan penguasaan Bahasa Inggeris bagi setiap pelajar di maktab ini.

Jabatan Matematik

Jabatan Matematik MRSM Pasir Tumboh adalah salah satu daripada empat jabatan pengajian yang terdapat di dalam maktab ini. Jabatan ini di bahagikan kepada dua unit iaitu unit Matematik dan unit Komputer.Jabatan Matematik di ketuai oleh En Ahmad Kamal b. Suratman yang juga merupakan guru Matematik. Matlamat utama jabatan ini sudah pastinya adalah untuk memastikan setiap pelajar mendapat keputusan A bagi subjek Matematik di dalam peperiksaan PMR.

Jabatan Sains

Jabatan Sains MRSM Pasir Tumboh adalah salah satu daripada empat jabatan pengajian yang terdapat di dalam maktab ini. Jabatan sains di ketuai oleh Puan Azmah bt. Yusof yang juga merupakan guru sains. Matlamat utama jabatan ini sudah pastinya adalah untuk memastikan setiap pelajar mendapat keputusan A bagi subjek Sains di dalam peperiksaan PMR.

Jabatan Sains Sosial

Jabatan Sains Sosial MRSM Pasir Tumboh adalah salah satu daripada empat jabatan pengajian yang terdapat di dalam maktab ini.Terdapat Enam unit di dalam jabatan ini iaitu unit Senireka, unit Sejarah, unit Geografi, unit Kemahiran Hidup, unit Agama dan Bahasa Arab dan unit Pendidikan Jasmani.Jabatan Sains Sosial di ketuai oleh Pn Hjh Azah bt Abd Rahman yang juga merupakan guru Sejarah. Matlamat utama jabatan ini sudah pastinya adalah untuk memastikan setiap pelajar mendapat keputusan A bagi semua subjek yang terdapat di dalam jabatan ini di dalam peperiksaan PMR.

Cawangan perpustakaan

Cawangan perpustakaan adalah salah satu lagi unit yang berada di bawah kendalian HAL EHWAL AKADEMIK.Perpustakaan MRSM Pasir Tumboh ini lahir bersama-sama pembukaan MRSM Pasir Tumboh pada tahun 1994 .Perpustakaan MRSM Pasir Tumboh adalah lebih dikenali sebagai Pusat Sumber Pembelajaran(PSP).Perpustakaan ini menyediakan banyak kemudahan-kemudahan ilmiah mahupun teknikal dan audiovisual. Antara kemudahan-kemudahan tersebut seperti bilik tayangan, Ruang Bacaan, alat-alat bantu mengajar, kemudahan komputer dan banyak lagi. Perpustakaan ini diletakkan di bawah kendalian Guru Media iaitu Cik Siti Suhana bt. Mohd Nawi dan di bantu oleh 2 orang guru serta 2 orang kakitangan PSP.

Cawangan Sistem Maklumat

Cawangan Sistem Maklumat merupakan salah satu daripada cawangan atau unit yang berada di bawah HAL EHWAL AKADEMIK. Unit ini di ketuai oleh guru komputer iaitu Cik Siti Nur Farizah bt Mohd Nor dan dibantu oleh 2 orang kakitangan iaitu Penolong Pegawai Teknologi Maklumat dan Juruteknik Komputer. Unit ini mengendalikan semua peralatan dan perkakasan serta perisian yang berkaitan dengan perkomputeran di dalam maktab ini. Unit ini penting untuk memastikan kelancaran dan keselamatan penggunaan sistem komputer serta bantuan pengajaran teknikal untuk alat-alat multimedia.

Sistem Penilaian Pelajar

Sistem penilaian pelajar merupakan sistem yang bertanggungjawab memberikan kejayaan kepada keseluruhan sistem pembelajaran MRSM Pasir Tumboh. Penilaian pelajar dibuat berdasarkan Purata Nilai Gred (PNG). Pelajar-pelajar perlu mengambil peperiksaan setiap semester dan Purata Nilai Gred (PNG) akan diambilkira untuk menentukan kedudukan kelas pada semester berikutnya. Kelas-kelas adalah mengikut abjad iaitu A, B, C, D, E dan F.

25 orang pelajar yang mendapat Purata Nilai Gred (PNG) tertinggi akan ditempatkan di Kelas A. Pelajar-pelajar lain akan ditempatkan di Kelas B,C, D, E dan F secara rawak tanpa mengambilkira Purata Nilai Gred (PNG) masing-masing. Sistem ini telah digunakan sejak penubuhan MRSM Pasir Tumboh dan terbukti dapat mewujudkan persaingan sihat antara pelajar-pelajar serta memberikan kejayaan kepada maktab.